Generales

(お)元気ですか？ | 元気です, あなたは？
¿Como estas? | Bien, ¿Vos (como estas)?
おはよう
Buenos días (informal) (hasta las 11am)
おはようございます
Buenos días (polite) (hasta las 11am)
こんにちは
Buenas tardes / Good afternoon (mediodía de 11 am a 6pm)
こんばんは
Buenas tardes / good evening (desde las 6pm)
おやすみなさい
Buenas noches (al irse a dormir)
失礼します
Con permiso / Me retiro ¿Interrumpo algo? (Expresión usada al entrar o salir de un lugar)
ただいま
Ya estoy en casa (Expresión que se dice al entrar en la propia casa)
お帰りなさい
bienvenido (respuesta al "tadaima" )
行ってきます
me marcho / ahora vuelvo / "I'll go and come back" (expresión usada al salir de la propia casa)
行ってらっしゃい
No tardes / Hasta pronto / "please go and come back" (Respuesta al "itte kimasu")
お邪魔します
Con permiso (expresión al entrar en casa ajena; Lit. estoy molestando)
いらっしゃい
adelante, pase / bienvenido (Respuesta al o-jama shimasu)
ごめんください
¿Hay alguien en casa? / ¡Disculpe! (Al entrar en casa ajena pero no hay nadie en la puerta para recibir)
いらっしゃいませ(ん)
¡Bienvenido (a nuestra tienda)! / ¿Que desea? / ¿En qué puedo ayudarle? (Saludo del tendero/comerciante al cliente (no se responde))

Expresiones comunes

ごめん/ごめんなさい
Perdón (Disculpa, expresión de perdón)
すみません
  1. disculpa
  2. para llamar la atención. Originalmente significa "permiso" o "disculpe". Es muy usada con el sentido de "gracias".
Ejemplo: a X se le cae una moneda, y Z la levanta y se la devuelve a X. En este caso, en vez de ありがとう, X muy probablemente va a agradecer el gesto de Z con すみません. Esta forma de "agradecer" implica algo como "Perdon por hacerte hacer el problema de hacerme este favor (y gracias por eso)".
いただきます
Buen provecho / Gracias por la comida / Thank you for the meal (before eating) (Al empezar a comer; Lit. aceptemos)
ご馳走様でした
Estaba muy bueno Gracias por la comida / Gracias por la comida / Thank you for the meal (after eating) (Al terminar de comer, expresión de agradecimiento)
お疲れ様
Buen trabajo (Parecido a "o-tsukare-sama"; Lit. gracias por cansarse)
おめでとうございます
Felicidades (Expresión de felicitación)
宜しくお願いします
Se lo ruego / Encantado / Lo dejo en tus manos (Tras pedir un favor o que alguien haga algo por el hablante; Lit. (ver cuerpo de texto); expresión usada cuando acabamos de pedir un favor a alguien, cuando acabamos de conocer a alguien o cuando dejamos algo en manos de otra persona. Lit. "ruego humildemente su favorable consideración".
お待たせしました
Perdon por la espera. (lit. "hice esperar".)
お大事に
"Que te mejores" . Utilizada para despedirse de alguien que está enfermo.
お久しぶりです (o 久しぶり)
"hacia mucho tiempo (que no nos veíamos)".
汚いところですけれど、どぞう、上がってください
Expresión usada en situaciones formales, cuando un japonés te invita a entrar a su casa lit. "se trata de un sitio sucio, pero por favor, pase". --> invitacion a la casa
つまらない物ですけれど、どぞう
Cuando un japonés hace un regalo, tiende a rebajar lo que ofrece como muestra de humildad. (sólo en ocasiones muy formales) lit. "se trata de algo insignificante, pero por favor, tómelo".
腹が減ったぜ
Tengo hambre. Expresión masculina y bastante vulgar.
おなかがすいた
tengo hambre. Forma estándar.
おなかがペコペコ
Tengo hambre. Bastante usada por chicas o niños.
のどがかわいた
Tengo sed. Forma estándar.
のどがカラカラ
Tengo sed. Forma coloquial.

Presentarse

Persona A

はじめまして | はじめまして。どうぞよろしく。
Encantado | ¿Cómo estas? gusto en conocerte / How are you? nice to meet you.
私の名前は[...]です。
Mi nombre es [...] (Me llamo [...] )
よろしくお願いします。
Encantado de conocerle
あなたの名前は何ですか。
¿su nombre cuál es? (¿Cómo se llama usted?)

Persona B

私の名前は[...]です。
Mi nombre es[...] (Me llamo[...])
こちらこそよろしく
Encantado de conocerle (yo también)

Gracias

Hay varias formas de dar las gracias.

ありがとう
Gracias

Muy formal:

どうもありがとうございます。
Muchas gracias
どうもありがとう
Muchas gracias / thank you very much

Un poco menos formal que la anterior:

ありがとうございます。
Gracias

Otra muy informal y sencilla:

どうも
Gracias

La respuesta suele ser:

どういたしまして
De nada / you're welcome

o más sencillamente:

いいえ
De nada

Despedidas

La manera más conocida pero no es la más utilizada:

さようなら
adiós

Usualmente se usan combinaciones de ja-mata:

それじゃまた明日会いましょう。
Bueno, mañana nos volvemos a encontrar. (Forma completa)
じゃ、また明日
Bueno, hasta mañana (forma más reducida)

Otras formas reducidas:

じゃね、また
Bueno, hasta luego; nos vemos; see you soon. (entre amigos)
またね
Hasta luego
バイバイ

Bye bye

しつれいします

Chau / Bye. Ex.: leaving from the professor office

Preguntar precios

Vendedor: いらっしゃいませ
Bienvenido/¿Qué desea?
Cliente (señalando): これはいくらですか。
¿Cuánto cuesta esto?
V: これは_ _ 円です。
Esto cuesta _ _ yenes
C: (queremos comprar eso) これおください。|これお願いします。
quiero eso | deseo eso

Otras

と思った
"pensar que" (se usa más que en español).
やった！
¡viva! ¡Lo he conseguido!
はい / ええ (informal)
Si
いいえ
No
(お)おい
Hey
どうぞ
Adelante / tenga
何？
¿Qué?
あの(う)。。。
um...
すごい
bien! copado, great