Muchos usos. Los usos de la partícula で usualmente no se superpone con los de alguna otra partícula, excepto cuando indica lugar, que puede ser confundida con .

Lugar

Después de un nombre de lugar. Funciona como "a" o "en" ("at", "in"). Donde el evento descripto por el verbo pasa en el lugar marcado con で.

彼は日本テレビ出演している
Él está en la TV en Japón
千鶴ちゃんはいつも家勉強しなければならない
Chizuru tiene que siempre estudiar en casa
横浜のオフィス働いていました
Trabajé en una oficina en Yokohama

Tener cuidado con el verbo ある, porque no siempre indica "existencia". Puede también indicar el lugar donde algo "pasa" -un evento público, por ejemplo-, en ese caso, debe ser indicado con la partícula で.

明日、ロス弁論大会がある
Hay una concurso de oratoria en Los Angeles mañana

Manera/instrumento/material

Después de un sustantivo. "por", "via", "por medio de" de transporte e intrumentos que se usan; también de qué material esta hecho una cosa.

はしごはんを食べます。 
Comemos nuestras comidas con palitos
テレビ映画を見ました。 
Vi una pelicula en TV
韓国に行きたい
Quiero ir a Corea por bote
泥棒は人をナイフ襲った
El ladrón atacó a alguien con un cuchillo
日本の家は木作ってあります
Las casas en Japón estan hechas de madera
和食のレストラン日本語で話した
En el restaurante japonés hablamos en japonés

Tiempo

La partícula で se usa después de (una palabra de) tiempo que indica "la finalización de la acción". に también se puede usar acá. Las diferencias son meramente connotativas.

宿題は今週終わりたい
Quiero terminar la tarea de esta semana
あの人は6月刑務所を出られる
Esa persona va a poder salir de la prisión en junio
契約は3月3日で/に終わる
El contrato expira el 3 de marzo
夏は9月終わる。
El verano se termina en septiembre

Si se usa に, simplemente indicamos la fecha exacta de expiración del contrato. Con で, en cambio, tiene una matiz de "el contrato es válido hasta 3 de marzo, y después expira".

Tiempo requerido

Este uso esta relacionado cercamente con el que indica el "tiempo invertido" en hacer algo. Sin embargo, で no puede ser reemplazado con に acá.

彼は一年半本を書いた
Él escribió un libro en un año y medio
6時間仕事を終わらなければならない
Tengo que terminar este trabajo en seis horas

Causa/Razón

Marca el por qué, aunque es muy débil -no se pone mucho énfasis en la "razón" de algo.

理絵ちゃんは病気仕事を休んだ
Rie no fue a trabajar porque estaba enferma
竜くんは趣味ホームページを作る
Ryû hace sitios web como hobby
前夜の雪車が動けない。
Por la nieve de anoche, no puedo sacar el auto

Cantidad

で indica el cuánto/how much/many.

あのおもちゃは3000円買える
Podes comprar ese juguete por 3.000 yen
車は10人持ち上げることができた
Pudimos levantar el auto entre los 10 de nosotros

Resumen

Lugar 学生は寮でケーキをつくる El estudiante hace una torta en el dormitorio
Tiempo 学生は一日でケーキをつくる El estudiante hace una torta en un dia
Tiempo requerido 学生は3時間でケーキをつくる El estudiante hace una torta en 3 horas
manera/instrumento 学生はオーブンでケーキをつくる El estudiante hace una torta en el horno
material 学生はいちごでケーキをつくる El estudiante hace una torta de frutillas
causa 学生は義務でケーキをつくる El estudiante hace una torta como obligación
cantidad 学生は一人でケーキをつくる El estudiante hace una torta solo